در مناقصه دو مرحله ای، ارزیابی فنی و مالی مناقصه صورت می گیرد و برنده مناقصه شرکت یا شخصی است که تنها پایین ترین قیمت را پیشنهاد کرده باشد.
در این روش ابتدا مسئول ثبت مناقصه اقدام به ثبت اطلاعات مناقصه که شامل اطلاعات عمومی مناقصه،تعیین اعضا کمیسیون،اطلاعات مالی و زمانی و بارگزاری اسناد مناقصه است نموده و سپس جهت تایید به کارتابل مقام تشخیص ارسال مینماید.در این مرحله مقام تشخیص(بالاترین مقام اجرایی و یا جانشین وی) میتواند با استفاده از امضا الکترونیک مناقصه را امضا و تایید نموده و به صفحه اصلی سامانه ارسال نماید.همینطور میتواند قبل از تایید و امضا خود اقدام به تصحیح و ویرایش اطلاعات مناقصه نموده و یا جهت انجام این کار مناقصه را جهت ویرایش به مسئول ثبت مناقصه ارسال نماید.در هر صورت بعد از امضاء مقام تشخیص و ارسال به صفحه اصلی و با توجه به مهلت دریافت اسناد مناقصه گران میتوانند اقدام به دانلود اسناد نموده و پس از امضاء الکترونیکی اسناد(با استفاده از برنامه امضاء دیجیتال) اقدام به ارسال پاکات الف،ب،ج(ضمانتنامه،اسناد فنی،پیشنهاد قیمت) مینمایند.
نکته : یادآور میشود اصلاحات توسط دستگاه اجرایی تا 72 ساعت قبل از بازگشایی امکانپذیر است اما اصلاحات برای مناقصه گران تا آخرین مهلت ارسال پاکات امکانپذیر است.ضمن اینکه اصلاحات انجام شده فقط برای اسناد بارگزاری شده و مهلت ارسال پاکات توسط دستگاه اجرایی امکانپذیر میباشد.
پس از پایان مهلت ارسال پاکات بازگشایی در کارتابل مقام تشخیص و با امضاء اعضا کمیسیون انجام میگردد.ابتدا پاکت الف(ضمانتنامه) بازگشایی شده و کسانی که تایید میگردند بازگشایی پاکت ب(اسناد فنی) آنها انجام میگردد.پس از بازگشایی پاکات ب تمامی پاکات جهت ارزیابی فنی به مسئول کمیته فنی بازرگانی ارسال میگردند.پس از بررسی پاکات ب و ارزیابی فنی در مدت زمان مقرر و تایید و یا عدم تایید پاکات ب تمامی پاکات مجددا به مقام تشخیص و اعضا کمیسیون جهت ادامه بازگشایی ارسال میگردند.
یادآور میشود کسانی که پاکات الف یا ب آنها تایید نشود سامانه اجازه دسترسی به باقی پاکات را به اعضا کمیسیون نمیدهد.
پس از بازگشایی پاکات ج(پیشنهاد قیمت) جدول مقایسه ای تشکیل میگردد.در این مرحله بنابر نظر اعضا کمیسیون برندگان اول و دوم مشخص شده و اگر قیمتهای پیشنهادی بیش از 10 درصد بالاتر و یا پایینتر از برآورد مالی دستگاه اجرایی باشد جهت ارزیابی مالی پاکات ج به مسئول کمیته فنی بازرگانی ارجاع داده میشود ومسئول کمیته فنی بازرگانی ارزیابی مالی را انجام داده و نتیجه را به مقام تشخیص و اعضاء کمیسیون ارسال مینماید.
در هر صورت پس از بررسی های انجام شده برنده و یا برندگان مشخص شده و سپس اعلام به برنده توسط مقام تشخیص انجام میگردد.
یادآور میشود در صورتی میتوان برنده دوم را مشخص نمود که اختلاف قیمت نفر اول و دوم کمتر از مبلغ ضمانتنامه باشد.
پس از اعلام به برنده ، شرکت برنده باید برنده بودن خود را تایید نماید.در صورت عدم تایید ضمانتنامه وی ضبط شده و میتوان برنده دوم را مشخص نمود و یا مناقصه را ابطال کرد.
پس از پذیرش برنده بودن توسط شخص برنده مسئول ثبت مناقصه وارد کارتابل خود شده و از قسمت قراردادها قرارداد مورد نظر را تنظیم و جهت تایید و ارسال به شخص برنده به مقام تشخیص ارسال مینماید.مقام تشخیص پس از رویت قرارداد ، قرارداد مد نظر را به شخص برنده ارسال نموده و شخص برنده در مدت زمان تعیین شده قرارداد را تایید و جهت امضا نهایی به مقام تشخیص ارسال مینماید.
پس از امضاء نهایی قرارداد توسط مقام تشخیص، اگر مناقصه مورد نظر کالا باشد شخص برنده بایستی اقدام به ارسال کالا نماید و سپس انباردار کالای مورد نظر را دریافت نماید.اما اگر مناقصه مورد نظر خدمت باشد شخص برنده باید اقدام به ارسال صورت وضعیت نموده و تحویل گیرنده(ناظر) اقدام به تایید صورت وضعیت نماید.